Devyserin molekyylidiagnostiset kitit on suunniteltu kromosomilukupoikkeamien, Y-kromosomideleetioiden ja uniparentaalisen disomian (UPD-15) diagnosoimiseen QF-PCR-teknologian avulla.
QF-PCR menetelmänä
QF-PCR-analyysi käsittää kromosomeista etsittävien kohdesekvenssien PCR-monistuksen, monistustuotteiden erottelun ja kvantitatiivisen analysoinnin. Monistustuotteet voidaan havainnoida PCR:ssä käytettävien fluoresoivilla leimoilla modifioitujen alukkeiden avulla käyttäen hyväksi kapillaarielektroforeesi-laitteistoa.
Kromosomilukupoikkeamat
Kromosomilukupoikkeamien diagnosoinnissa lapsivesi-/istukkabiopsia-/napaverinäytteestä eristetystä DNA:sta monistetaan kromosomikohtaisia intronialueille sijoittuvia toistosekvenssejä (STR – short tandem repeats), joille on tunnusomaista erittäin suuri polymorfisuus. Tämän vuoksi eri alleelit, ja yleensä homologit kromosomit kromosomiparissa, tuottavat erikokoiset monistustuotteet. Kromosomikohtaisten monistustuotteiden lukumäärän ja suhteellisten pitoisuuksien perusteella voidaan havaita kromosomien monistumia tai monosomioita. QF-PCR-menetelmä on huomattavasti perinteistä karyotyypitystä nopeampi ja yksinkertaisempi toteuttaa, ja siksi se on tullut osaksi rutiiniseulontaa aneuploidiaepäilyissä.
QF-PCR-tekniikan ongelmakohtana on perinteisesti homotsygoottisen ja monosomisen näytteen heikko erotettavuus toisistaan sukupuolikromosomipoikkeavuuksia testattaessa (esim. X0: Turnerin syndrooma). Tämän vuoksi Devyser-kiteissä (Devyser Compact ja Devyser Complete) on mukana ns. 7X-markkeri, jonka tulos ilmaisee kromosomien 7 ja X välisen lukumäärän suhteen.
Testit:
- Devyser Compact
(kromosomit 13, 18, 21, X ja Y), 22 STR-markkeria, 50 tai 100 testin pakkauksessa)
- Devyser Complete
(kromosomit 13, 18, 21, X ja Y), 28 STR-markkeria, 9, 54 tai 100 testin pakkauksissa
- Devyser Extend
(kromosomit 13, 15, 16, 18, 21, 22, X ja Y), 40 STR-markkeria, 25 testin pakkauksissa
- Devyser 13-18-21
(kromosomit 13, 18 ja 21), 18 STR-markkeria, 25 testin pakkauksissa
- Devyser Resolution
lisämarkkerit kromosomeille 13, 18, 21, X ja Y, saatavana pakettina tai erikseen
Y-kromosomideleetiot
Y-kromosomin mikrodeleetioiden diagnosointi ns. AZF-testillä perustuu kolmen AZF-alueen ns. STS-sekvenssien (sequence-tagged site) PCR-monistukseen ja havainnointiin. STS-lokusten lisäksi testillä havainnoidaan myös kontrollisekvenssit, jotka sisältyvät EAA:n (European Academy of Andrology) ja EMQN:n (The European Quality Monitoring Network Group) suosituksiin (kuva 3). Testi sisältää alukkeet siten yhteensä 14:lle eri kohdesekvenssille, jotka kaikki ovat monistettavissa ja havainnoitavissa yhdellä multipleksillä reaktiolla.
- Devyser-AZF toimitetaan 25 testin pakkauksissa
Uniparentaalinen disomia (UPD)
UPD:n diagnosointi tapahtuu havainnoimalla kromosomissa 15 sijaitsevien monistettavien STR-sekvenssien (9 kpl) koko ja lukumäärä sekä lapselta että kummaltakin aikuiselta. Devyserin UPD-15-testi sisältää myös kromosomien 13 ja 18 STR-sekvenssien monistuksen, joiden avulla voidaan mm. sulkea pois äidistä aiheutunut kontaminaatio sekä yksinkertaistaa lapsen ja vanhempien näytteiden identifiointi.
- Devyser-UPD-15 toimitetaan 25 testin pakkauksissa
Kaikki Devyser-testit ovat CE-IVD-merkittyjä. Sen lisäksi ne ovat valmiiksi validoituja useiden kaupallisten DNA-eristysmenetelmien, PCR-laitteiden sekä kapillaarielektroforeesi-instrumenttien kanssa:
DNA-eristyskitit:
- QIAGEN QIAamp DNA Blood Mini Kit (veri- ja lapsivesinäytteet)
- QIAGEN QIAamp DNA Mini Kit (biopsianäytteet)
- Muita yhteensopivia tuotteita: Roche MagNAPure, QIAGEN EZ1, BioRad Instagene Matrix
PCR-laitteet:
- Applied Biosystems GeneAmp Systems 9600/9700/2920
- Eppendorf Mastercycler
- MJ Research (BioRad) PTC200-sarja
Myös monet muut instrumentit soveltuvat (kysy lisää meiltä!)
Kapillaarielektroforeesi-instrumentit:
- Applied Biosystems PRISM 310/3100/3130/3700/3730
- GE Healthcare MegaBACE
Polymeerit:
Valmistajan tuotesivut:
www.devyser.com/products.asp